Pelaksanaan Pembinaan dan Pengawasan Penyelenggaraan Pemerintahan Daerah telah diatur dalam Peraturan Bupati Gunungkidul Nomor 18 Tahun 2020 Tentang Pedoman Pembinaan Dan Pengawasan Oleh Inspektorat Daerah Dalam Penyelenggaraan Pemerintahan Daerah. Pembinaan dan Pengawasan penyelenggaraan Pemerintahan Daerah dilaksanakan dalam bentuk kegiatan penjaminan kualitas (quality assurance) dan kegiatan pengawasan lainnya yang tidak memberikan penjaminan kualitas (non quality assurance). Kegiatan pengawasan penjaminan kualitas (quality assurance) terdiri dari pemeriksaan, reviu, monitoring dan evaluasi. Kegiatan pengawasan lainnya yang tidak memberikan penjaminan kualitas (non assurance) terdiri dari konsultasi, sosialisasi dan asistensi.
Pembinaan dan pengawasan dilaksanakan oleh Inspektorat Daerah terhadap Perangkat Daerah dan Kalurahan, selanjutnya hasil dari pembinaan dan pengawasan tersebut dilaporkan kepada Bupati. Kepala Perangkat Daerah dan/atau Lurah wajib melaksanakan tindak lanjut hasil pembinaan dan pengawasan yang dilaksanakan oleh Inspektorat Daerah paling lama 60 (enam puluh) hari kerja setelah laporan hasil pemeriksaan diterima, kecuali ditentukan lain sesuai dengan ketentuan Peraturan Perundang-undangan. Dalam pelaksanaan tindaklanjut Wakil Kepala Daerah mengkoordinasikan pelaksanaan tindak lanjut dibantu oleh Inspektorat Daerah.
Inspektorat Daerah berkewajiban memantau dan melakukan pemutakhiran data tindak lanjut hasil pembinaan dan pengawasan penyelenggaraan pemerintahan daerah. Pelaksanaan pemutakhiran data tindak lanjut tersebut dilaksanakan paling sedikit 2(dua) kali dalam setahun. Perangkat Daerah dan Kalurahan yang tidak menindaklanjuti hasil pembinaan dan pengawasan dikenakan sanksi sesuai dengan ketentuan Peraturan Perundang-undangan.